Ayasofya adındaki 'aya' sözcüğü 'kutsal, azize', “sofya” sözcüğü ise, herhangi bir kimsenin adı olmayıp Eski Yunancada “bilgelik” anlamındaki sophos kelimesinden gelmektedir.

Ayasofya adındaki "aya" sözcüğü "kutsal, azize", “sofya” sözcüğü ise, herhangi bir kimsenin adı olmayıp Eski Yunancada “bilgelik” anlamındaki sophos kelimesinden gelmektedir. Ayasofya, kutsal bilgelik veya ilahi bilgelik anlamı taşımaktadır.
Ortodoks mezhebinde Tanrı’nın üç niteliğinden biri sayılmaktadır. İnşaatını VI. yüzyılın ünlü bilim adamları, fizikçi Miletli İsidoros, Trallesli matematikçi Anthemius yönetmiş ve yaklaşık 10 bin işçi çalışmıştır.
İnşaatında diğer kilise ve tarihi yerlerden önemli yapıtlar getirilmiştir. Ayasofya’nın yapılış tarihinden daha eski yapıtların bulunması bunu kanıtlamaktadır.
Bizans döneminde Ayasofya, büyük bir kutsal emanetler zenginliğine sahiptir. Bu emanetlerden biri de 15 metre yüksekliğindeki gümüş ikonostasistir.
Ortodoks Mezhebinin 1000 yıl boyunca merkezi olan Ayasofya, 1054 yılında Patrik I. Mihail Kirularus’un Papa IX Leo tarafından aforoz edilmiş ve kiliseler doğu ve batı kiliseleri olmak üzere ikiye ayrılmıştır.
İstanbul’un Fethiyle camiye çevrilen Ayasofya kilisesinde tarihi değeri olan bütün sanat eserleri muhafaza edilmiştir. İbarete halel getirecek bazı eserlerin üzeri ince bir boya ile kaplanmıştır. Cami, müzeye dönüştürülürken sıvaların bir kısmı çıkarılmıştır.
Günümüzde görülen Ayasofya binası, aslında aynı yere üçüncü kez inşa edilen kilisedir. Bu nedenle Üçüncü Ayasofya olarak da bilinmektedir. İlk iki kilise isyanlar sırasında yıkılmıştır.
Döneminin en geniş kubbesi olan Ayasofya’nın merkezî kubbesi, Bizans döneminde birçok kez çökmüştür. Mimar Sinan’ın binaya istinat duvarlarını eklemesinden itibaren hiç çökmemiştir.
1930 ile 1935 yılları arasında restorasyon çalışmaları nedeniyle halka kapatılan Ayasofya’da, Atatürk’ün emriyle bir dizi çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmaların çoğu, kubbenin demir kuşak ile çevrilmesi ve mozaiklerin ortaya çıkarılıp temizlenmesini içermektedir.
Restorasyon sırasında Ayasofya'nın, yeni Türkiye Cumhuriyeti'nin laiklik ilkesi doğrultusunda, tekrar kiliseye çevrilmesi için çalışmalar yapılmış, ancak bölgede Hıristiyan sayısının az olması nedeniyle kabul görmemiştir. Bakanlar Kurulu’nun 24 Kasım 1934 tarih ve 7/1589 sayılı kararıyla müzeye çevrilmiştir. 1 Şubat 1935’te ziyarete açılan müzeyi Atatürk 6 Şubat 1935 tarihinde ziyaret etmiştir.
Temmuz 2016'da Ayasofya Müzesi'nde düzenlenen Kadir Gecesi programında, 85 yıl aradan sonra sabah ezanı okunmuştur.
TRT’nin Diyanet Kanalında yayınlanan Bereket Vakti Ayasofya programının yayınlanmasına Yunanistan tepki göstermiştir.
Ekim 2016'da Müze'nin ibadete açık olan bölümü Hünkâr Kasrı'na, Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından uzun yıllardan sonra ilk kez asaleten imam atanmıştır.
Ayasofya müzesinin ibadete açık kısmında ezan okunmakta ve namaz kılınmaktadır. Ancak Ayasofya’nın büyük bölümü müzedir.
Sultanahmet Camii ile karşılıklı olarak duran Ayasofya’nın ibadete açılmasıyla ilgili bugünlerde mangalda kül bırakmayanlar, mecliste geri adım atıverdi. Çan sesi değil ezan sesi yakışır diyenler tabiri caizse çuvalladı. İYİ Partinin ibadete açılması için verdiği önerge İktidar Partisinin RET, ortağı MHP’nin çekimser oylarıyla reddedilmiş oldu.
Sokaktaki insana sorsanız hangisinde namaz kılmak istersin diye, %99’u Sultanahmet Camii der değil mi?