Her yıl milyonlarca antibiyotik reçete ediliyor. Tıp dünyası genellikle enfeksiyonları önlemede ilk etapta antibiyotik öneriyor.

Antibiyotikler de gerçekten çok etkili bir şekilde enfeksiyonları önlüyorlar.
Antibiyotik kullanımıyla ilgili olarak uzmanlar iki önemli dezavantaj üzerinde duruyorlar. Bunlardan birincisi, sürekli antibiyotik kullanıldığında hastalık yapan mikroorganizmalar, dayanıklı ırklarıyla nesillerini sürdürüyorlar. Dolayısıyla aynı antibiyotiklere karşı dayanıklılık gösteriyorlar. Diğer bir deyişle ilerleyen dönemlerde antibiyotik işe yaramıyor. Antibiyotik kullanmanın ikinci önemli dezavantajı ise, kullanıldığında zararsız mikroorganizmaları da öldürmesi. Oysa zararsız bakteriler sindirime yardımcı oluyorlar.
Antibiyotik kullanıldığı dönemde bağırsak mikrobiyomu bileşiminde bozulma meydana gelir ve bileşim kompozisyonunun normale dönüşü oldukça uzun sürer. İki yıl süren vakalara rastlanmıştır. Bu nedenle antibiyotik kullanımında ishal ve şişkinlik gibi gastrointestinal semptomlar en yaygın görülen yan etkilerdir. Özetle antibiyotik kullanımı ağızda başlayan bütün sindirim sisteminde yararlı mikroorganizmaları da öldürdüğünden sindirimde sorunlar yaşanması yaygındır.
Teksas Üniversitesi uzmanları, sindirim sistemindeki organizasyonu toplumu oluşturan bireylerin organizasyonuna benzetiyorlar. Herkes bir işin ucundan tutarak toplumu ayakta tutuyorlar. Sindirim sistemindeki mikroorganizmalar da benzer bir işleve sahipler. Farklı bakteri türleri farklı besinleri parçalamak suretiyle sindirimin sağlıklı bir şekilde gerçekleşmesini sağlarlar. Sistemin aşina olmadığı veya tanımadığı bir besin alındığında şişkinlik yapması, yeterince parçalanmamasından ileri gelir.
Sağlıklı bir bağırsak mikrobiyomunun ne olduğuna dair tek bir tanım bulunamamış olsa da sağlıklı insanların bağırsaklarında daha yüksek çeşitlilik ve daha fazla bakteri yoğunluğu dikkati çekmektedir.
Bilim insanları uzun süredir probiyotikler üzerinde çalışıyorlar. Probiyotikler sindirim sisteminde yararlı bakterileri çoğaltmak, desteklemek suretiyle sindirime yardımcı oluyorlar. Daha önceki çalışmalarda, probiyotik kullanmanın antibiyotiklerin gastrointestinal yan etkilerini azaltabileceği ifade ediliyor. Bununla birlikte antibiyotiklerle birlikte probiyotik almanın bağırsaktaki mikroorganizmaların çeşitliliğini ve bileşimini koruyup koruyamayacağı konusunda farklı görüşler bulunuyor. Bazı uzmanlar, hastanın bağırsaklarındaki hassas mikrop dengesini daha fazla değiştirme endişesiyle antibiyotiklerin yanında probiyotik önermiyorlar.
Son yedi yılda bu konuların derlendiği bir çalışmada antibiyotiklerle birlikte probiyotik almanın insan bağırsağı mikrobiyomunun çeşitliliği ve bileşimi üzerindeki etkilerinin olumlu olduğu bildiriliyor.
Uzmanlar, antibiyotiklerin yanında probiyotik almanın, bağırsak mikrobiyomu bileşiminde antibiyotiğe bağlı bazı değişiklikleri önleyebileceğini veya azaltabileceğini bildiriyorlar. Probiyotikler aynı zamanda sindirim sisteminde tür çeşitliliğini korumaya yardımcı oluyor. Diğer yandan sindirim siteminde iltihaplanmayı azaltan yararlı bakteri popülasyonlarını eski haline getirebiliyor.
Hastalar antibiyotik aldıklarında, bazı bakteri türlerinde önemli değişiklikler ortaya çıkıyor. Ancak tedavi probiyotiklerle birleştirildiğinde, bu değişiklikler azalıyor. Yararlı bakteriler desteklendiği için hazım sorunları azalıyor veya tamamen önleniyor. Çalışmaları gerçekleştiren uzmanlar antibiyotiklerle birlikte probiyotik reçete etmenin mahsuru bulunmadığını, aksine daha yararlı olduğunu belirtiyorlar.