1894 yılında İzmir’de dünyaya gelmiştir. Baba soyundan dedeleri, Horasan'dan Darende’ye göç etmişlerdir. Babası işi gereği İzmir’e taşınmış, Annesi ile burada tanışarak evlenmiştir.

1894 yılında İzmir’de dünyaya gelmiştir. Baba soyundan dedeleri, Horasan'dan Darende’ye göç etmişlerdir. Babası işi gereği İzmir’e taşınmış, Annesi ile burada tanışarak evlenmiştir.
İlk ve orta öğrenimini İzmir’de tamamlamış, İzmir İdadisi’ni bitirdikten sonra üniversite eğitimi için İstanbul’a girmiştir. İstanbul Hukuk Mektebinden 1914 yılında mezun olmuş ve İzmir’e dönmüştür.
Mustafa Necati Bey, Birinci Dünya Savaşı yıllarında İzmir’de avukatlık, eğitimcilik ve gazetecilik yapmıştır.
Kısa bir süre Aydın-Kasaba Demiryolları’nda hukuk müşavirliği yapmıştır. Birinci Dünya Savaşından sonra İzmir Türk Ocağı’nın aktif bir üyesi olmuş, spor alanında da çalışmalar yapmış, Altay spor kulübünün kurucuları arasında yer almıştır.
Yaklaşmakta olan işgal tehlikesine karşı demiryolu işçileri, işsiz yedek-subaylar ve sporcu gençlerle olan ilişkisini kullanarak önlemler almaya, direniş hareketlerini örgütlemeye çalışmıştır. İzmir’in işgali üzerine İstanbul’a amcasının kızı ve nişanlısı olan Halide Nusret Hanım’ın evine sığınmıştır. Ardından İçişleri Bakanlığı’nda görev almış ve Balıkesir’e atanmış, ancak ardından istifa etmiştir.
Balıkesir’de kaldığı 7 ay boyunca millî mücadele hareketine hizmet için çok yoğun çalışmıştır. Kuvayı Milliye kumandanı olarak Yunanlılara ve Anzavur kuvvetlerine karşı yürütülen mücadelelere önemli destekler vermiştir. Hüseyin Vasıf ve Mehmet Esat kardeşlerle İzmir2e Doğru gazetesini çıkarmıştır. Millî hareketin yayın organı olan ve 74 sayı çıkan bu gazetede millî duyguları geliştirici yayınlar yapmıştır. Balıkesir’de kaldığı sürede Balıkesir İdman Yurdu’nu kurmuştur. 1920’nin Ocak ayında kurulan baronun yönetim kurulunda yer almıştır. 29 Nisan 1920 günü Saruhan milletvekili olarak TBMM’ne katılmak üzere şehirden ayrılmıştır.
TBMM 1. Dönem Saruhan milletvekilliği sırasında, Sivas, Kastamonu, Amasya İstiklal Mahkemelerinde görev yapmıştır.
Kastamonu’da görevli olduğu bir yıl içinde Çocuk Esirgeme Kurumu, Kızılay, İlim Cemiyeti ve Muallimler Derneğinin kurulmasında öncülük etmiş ve Vali tarafından fahri hemşerilik beraatı verilmiştir.
Mustafa Necati Bey, TBMM’nin ikinci döneminde İzmir milletvekili olmuş, ardından Mübadele, İmar ve İskân Vekaletine atanmış, 5 ay boyunca bu görevde kalmıştır. Özellikle Türkiye-Yunanistan mübadelesi esnasında önemli organizasyonlar yapmıştır.
Mustafa Necati Bey, 6 Mart 1924’te kurulan İkinci Hükûmette Adliye Bakanı olarak yer almış, bakanlığı döneminde şeri mahkemeler kaldırılmıştır.
Mustafa Necati Bey, 4. ve 5. Hükûmetlerde Milli Eğitim Bakanlığı yapmıştır. Eğitim işlerini valilerin kontrolünden çıkararak bakanlığın kontrolüne almıştır. Öğretmenlik mesleğini itibarlı hâle getirmiştir. 10 bölgede öğretmen okulu inşaatı başlatmıştır.  merkezinde birer öğretmen okulu inşaatı başlattı. Bunlardan önemlileri Gazi Eğitim Fakültesi, İzmir Erkek Öğretmen Okulu ve Balıkesir Necatibey Eğitim Enstitüsüdür.
Döneminde ortaöğretim parasız hale getirilmiş ve kitaplar bakanlıkça bastırılmıştır. Yabancı okullar denetim altına alındı. Köylere öğretmen yetiştirmek için Köy öğretmen okulları açılmıştır. Harf İnkılabı gerçekleştirilmiş, bunun için Millet Mektepleri açılmıştır. Millet Mekteplerinin açılışı döneminde apandisit patlaması sonucu vefat etmiş, cenazesi 2 Ocak 1929’da resmî törenle Ankara’da Cebeci Mezarlığı’na defnedilmiştir. Atatürk vefatına çok üzülmüştür.
Ankara’da tarihe tanıklık etmiş evi, ailesi tarafından devlete bağışlanmıştır. Ecevit Hükümeti döneminde Mustafa Necatibey Kültür Evine çevrilmiş olan evden, geçtiğimiz hafta sahibinin ismi silinmiş ve Nuri Pakdil’in adı verilmiş, Kuvayı Milliye kahramanlarından, Türkiye Cumhuriyeti’nin kurucularından adeta intikam alınmıştır.